北京长青肛肠医院原名“北京海淀长青医院”，创立于1997年，是由中国人民解放军申办成立的一所一级甲等综合性医院，中国中医药肛肠学会成立的肛肠病防治中心设在该医院内。

医院坐落于海淀区四季青镇一所名为“西禅寺”的寺庙院内，开设病床30张。成立之初虽然医疗环境比较简陋，但云集了国内知名的肛肠专家和军队退休名医，不仅有着非常丰富的临床诊断治疗经验，更以“无痛手术”而闻名，以“口碑相传”的方式吸引了络绎不绝的患者建院。近10年来,治愈肛肠病患者上万名，受到了高度好评。
2003年经国家中医药管理局批准，北京长青肛肠医院成为全国肛肠病重点专科建设单位(全国仅8家，北京仅2家)。此后又被北京市评为“首都精神文明服务达标单位”、“海淀区先进医院”等一系列称号 。

同年根据国家有关政策，北京海淀长青医院由军队申办改制成与四季青政府合作的股份制医院。并根据医院专科发展的战略需要，从综合性医院变更为专科医院，正式更名为“北京长青肛肠医院”，成为一所一级甲等的肛肠病专科医院。

2004年随着长青肛肠医院“全程无痛技术”知名度的不断提高，受到了中外肛肠界瞩目，吸引了日本、韩国诸多肛肠界同行来医院参观、学习，目前已与日本东葛仲肛肠病医院、国本肛肠病医院、松田肛肠病医院正式缔结成为中日友好姊妹医院，长青肛肠医院的专家也多次被国外肛肠医院邀请讲学和技术指导，在国际上展示了中国肛肠病在治疗研究方面的成果。

2005年1月搬至新的医院楼，开设专科病床90张，有主任医师、副主任医师10人（其中大部分是退休的军队名医）， 医院设置科室13个，专家技术力量雄厚，配置了电子纤维肠镜、彩色B超、电脑遥控X光机等检查诊断治疗设备，各项医疗设施齐全。2006年1月，经过医院全体医务人员不懈努力，各项指标完全符合北京市“医保”定点医院的要求，终于在北京市当年提出申请“医保”的多家医疗机构中脱颖而出，取得了“北京市医疗保险定点医疗机构”的资格，成为北京市唯一一家取得肛肠专科医保的医疗机构。